Daarna speelde hij in Brazilië achtereenvolgens bij CR Flamengo (1997-1999), CR Vasco da Gama (2000-2002), Fluminense FC (2002-2004) en opnieuw CR Vasco da Gama (2005-2008) In 2003 stond Romário enkele maanden bij Al-Sadd Sport Club uit Qatar onder contract, maar bij deze club speelde hij slechts drie competitieduels. Voor de AFC Champions League, de competitie waarvoor Al-Sadd hem in eerste instantie had gecontracteerd, bleek de Braziliaan niet speelgerechtigd.
In april 2006 vertrok Romário op huurbasis naar het Amerikaanse Miami FC, dat uitkomt in de USL First Division (één niveau onder de Major League Soccer). Hoofddoel was om zo veel mogelijk doelpunten te maken om zo op het magische aantal van duizend doelpunten te komen. Romário scoorde uiteindelijk negentien treffers, waarmee hij volgens zijn eigen telling op 984 doelpunten kwam. In september besloot de Braziliaan zijn jacht naar de duizend goals voort te zetten in Australië. Romário tekende een contract voor vier weken als gastspeler bij Adelaide United, wat mogelijk was doordat volgens de reglementen van de Australische voetbalbond clubs per seizoen twee spelers voor een maand mogen vastleggen als gastspeler. Veel succes had Romário niet Down Under: in vijf wedstrijden kwam hij slechts één keer tot scoren. Na zijn periode in Australië keerde de Braziliaan terug naar CR Vasco da Gama om met de club het slot van de Campeonato Brasileiro mee te maken. Hier scoorde hij 15 doelpunten, waardoor zijn teller op 999 stond. Uit een penalty scoorde Romario zijn 1000e doelpunt, een record dat alleen Pelé eerder op zijn naam had gezet. Romario heeft een talentrijke zoon, Romarinho genaamd. Op 23 oktober 2007 werd Romario als interim-coach naar voren geschoven bij de Braziliaanse club CR Vasco da Gama.
Op 4 december 2007 wordt bekend dat Romario betrapt is op het gebruik van het maskerende middel
In augustus 2009 kondigde hij aan weer te gaan spelen voor América FC, de favoriete club van zijn
finasteride wat op de dopinglijst staat. Hij vraagt geen contra-expertise aan en geeft aan dat dit middel in een haargroeimiddel zit wat hij al een tijd gebruikt. Hierdoor riskeert Romario een schorsing van twee maanden. Op 6 december maakt Vasco da Gama bekend dat Romario benoemd is tot speler/ coach[1]. Op 18 december krijgt Romario een voorwaardelijke schorsing van 120 dagen opgelegd voor het gebruik van een verboden middel. Op 14 februari 2008 wordt hij in hoger beroep echter vrijgesproken. Een week eerder was Romario opgestapt als trainer van Vasco da Gama na onenigheid met de voorzitter. Hij had aangekondigd zijn spelersloopbaan per 30 maart 2008 te beëindigen. Op 15 april 2008 beëindigde Romario zijn carrière als voetballer.